過氧化氫滅菌器采用過氧化氫為滅菌因子殺滅負載微生物，壓力、溫度、時間等滅菌的主要技術參數由程序設定并控制。滅菌器一般由滅菌室、加注系統、汽化系統、真空系統、控制系統、回空系統、等離子體發生器等組成。
（1）滅菌室：該部分為滅菌器的核心承壓部件，是運行滅菌過程的載體。通常由腔體、艙門等組成一個密閉的空間。若具有等離子功能還配有網狀電極。通過管路與真空系統、注入系統、進氣系統等相連接。網狀電極與外部的等離子體發生器電源相連接。艙門的控制可以有自動方式、手動方式等。
（2）真空系統：該部分實現對滅菌室的抽真空等功能。真空性能與過氧化氫的汽化、擴散穿透效果密切相關。通常由真空泵、壓力傳感器、油霧過濾器、過氧化氫氣體過濾器、抽空控制閥等組成。真空泵和壓力傳感器是實現真空的核心部件，影響真空性能的優劣。
（3）加注系統：該部分實現對過氧化氫滅菌劑的存放、定量、加注。目前產品以卡匣式加注為主，也有瓶裝加注方式。卡匣式結構通常由穿刺機構、加注裝置、閥門、管道等組成。
（4）汽化系統：該部分實現將加注的液態過氧化氫充分汽化，并均勻擴散到滅菌室內。目前產品大多采用先將過氧化氫溶液提純，然后再汽化；也有部分產品采用直接汽化的方式。提純過程就是將低濃度的過氧化氫提高到較高濃度。過氧化氫氣體在擴散過程中會不斷分解，純度提高后，有利于提高氣體的穿透能力，以滅菌效果。通常由提純裝置、加熱裝置（加熱膜、加熱棒等）、汽化室、電磁閥、溫度檢測裝置等組成。
（5）控制系統：該部分實現對滅菌過程的壓力、溫度、時間等過程參數的控制、顯示、輸出，達到滅菌所需的量值和精度，并對預設周期參數進行監控。通常由控制裝置、顯示裝置、數據記錄裝置等組成。
（6）等離子體發生器：該部分實現對滅菌物品上殘留過氧化氫解析，以達到安全要求。目前產品以等離子體方式解析為主，也有部分產品采用通風方式進行解析。通常由等離子電源、電極網連接電纜等組成。
（7）回空系統：該部分與真空系統配合，實現將空氣過濾后注入到滅菌室內或排出氣體，用于消除室內負壓或用于過氧化氫殘留解析。通常由空氣過濾器、回空控制閥等組成。
